Être un•e utilisateur•rice de R résilient•e
Maëlle Salmon 🏠 https://masalmon.eu 🐦 ma_salmon
Licence CC-BY-SA
👋 Bonjour depuis Nancy !
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Mon parcours R
L3 biologie à l’ENS. Premiers pas de R, ⚡ passion pour R Graph Gallery!
Master écologie, mastère santé publique. Beaucoup de scripts.
Thèse de statistique. Contribution à un paquet ! R-Forge, Rd à la main, Sweave.
Statisticienne et gestionnaire de données. Utilisation de devtools, tidyverse, R Markdown, git.
En même temps que devtools &co : Twitter, blog R, soumission d’un paquet à rOpenSci, co-fondation du meetup R-Ladies Barcelona.
Projets récents
Diverses missions pour rOpenSci, notamment maintenance du package dev guide. 🔧
Livre “HTTP testing in R” avec Scott Chamberlain. 📖
Cours “Scientific Rmd blogging”. 📝
Autres missions ?
Instant pub. 😉
Besoin de prestations de développement ou formation en développement de paquets, R Markdown ?
Contactez-moi ! 📧 msmaellesalmon (at) gmail.com
Engagements actuels dans R
Compte Twitter de R-Ladies Global. 🐦
Éditrice pour le système de revue de paquets de rOpenSci. 📦
Diverses présentations de partage de connaissances. 😉
Retrouvez les diapos en ligne 😁
R, quelle joie de chaque instant ! …
… ou presque.
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Limiter vos peines
En prévenant les problèmes :
- Garder ses installations à jour ou pas;
- Suivre les nouveautés sans anxiété de ratage.
En résolvant plus efficacement les problèmes :
- tout·e seul·e;
- En sachant comment et où demander de l’aide.
Prévention des problèmes
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Mettre à jour votre pile technologique
Mettre R à jour
#rstats 4.0.4 has been scheduled for February 15.
— Peter Dalgaard (@pdalgd) January 21, 2021
Details, including nickname, on https://t.co/R4UDX97PPY
(or https://t.co/chHqJaiq0W for the impatient.)
Pourquoi mettre R à jour ?
-
Compatibilité des paquets R les plus récents.
-
Plus on attend plus c’est dur de lire les changements.
Nouvelles de R
-
Échos par-ci par-là. R 3.6 & nombres aléatoires
Comment mettre R à jour
Suivre les instructions pour son système opératoire. Ubuntu, suivre les conseils de Sébastien Rochette de ThinkR.
Ré-installer les paquets ou pas ? Cela dépend de la version. rstats.wtf. Nettoyage de printemps ?
Mettre les paquets à jour
Les nouvelles versions sont censées être meilleures.
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Suivre les nouvelles du paquet ?
-
Via RStudio
-
Dépôt du paquet (release watch de GitHub), blog du paquet, etc.
À quoi s’attendre ?
Mes scripts vont-ils cesser de fonctionner après mise à jour du paquet ? 😱
Lire un article. https://www.tidyverse.org/blog/2020/10/testthat-3-0-0/
Lire le changelog. https://testthat.r-lib.org/news/index.html
Utiliser le miroir de CRAN sur GitHub. https://github.com/cran/testthat
Tout dépend du travail de communication autour du et dans le paquet.
Ne pas mettre à jour
Pour un papier, en production
-
renv (successeur de packrat)
Pause puis questions 🍵
05:00
Se tenir au courant
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Pourquoi se tenir au courant ?
Améliorer votre travail actuel. Exemple : rex !
Résoudre vos problèmes futurs. Exemple : savoir que reticulate existe.
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Comment se tenir au courant aide ?
Apprendre des choses sur les outils,
Connaître les organisations et personnes clés.
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Flux infinis d’information
Twitter #rstats hashtag, Twitter timeline.
GitHub timeline.
Difficiles à optimiser.
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Flux infinis d’information
😌 Ne pas vouloir tout lire.
✂️ Silencier, optimiser avec Tweetdeck (expressions régulières) et RefinedGitHub ?
✨ Suivre les comptes utiles pour vous.
📖 Lire Twitter for R programmers.
🤷 Et si ça ne vous va pas, passez votre chemin ! Juste un compte pour renvoyer vers votre page ?
Nouvelles agrégées
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Votre collection ?
Flux RSS de vos blogs préférés ! Y compris blogs des outils que vous utilisez.
Conférences
-
satRdays
-
useR! (en ligne cette année)
-
etc.
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Conférences R
Allez-y ou…
Utilisez ce qui est en ligne (beaucoup de choses ces temps-ci 😬)
-
Lisez les programmes
-
Lisez les diapos
-
Regardez les vidéos
Conférences R, quand, où ?
R Weekly conferences section 🚀
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R-Ladies aux conférences
Système de revue de résumés ! Merci à Jennifer Thompson !
Autres sources d’informations
🎧 Podcasts ! Not So Standard Deviations, R Weekly Podcast, Credibly Curious.
📝 Package Pics mensuels de Joseph Rickert de RStudio
📓 Rzine
Pourquoi pas lire des bouquins
Big Book of R, collection de liens vers des livres R dont beaucoup sont gratuits !
Choisissez des livres récents.
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Pourquoi pas lire des bouquins
Dernier livre que j’ai lu, très utile : R Markdown Cookbook par Yihui Xie, Christophe Dervieux, Emily Riederer.
Discuter
Avec vos collègues
À des séminaires 😁
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Ne pas trop se tenir au courant
Se mettre à jour…Ce n’est pas tout suivre en direct !
Rien ne sert de tout lire.
“Commit to your lock-in”. Au travail, avec vos outils peut-être imparfaits.
Que faire des infos ?
Les évaluer !
-
Comme toute information, au final.
-
En demandant à vos amis de R, cf la suite de cette présentation.
Pour les paquets il y a des critères objectifs.
Comment évaluer les paquets ?
If you use software that lacks automated tests, you are the tests.
— Jenny Bryan (@JennyBryan) September 22, 2018
Critères d’évaluation de paquets
-
Développement actif ?
-
Bien testé ?
-
Bien documenté ?
-
Populaire ?
-
Développé par quelqu’un / une organisation de confiance ?
Comment évaluer un paquet
DÉMO ! Allons voir dplyr.
Guides sur les paquets
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Que faire des informations ?
Appliquer de suite au travail ?
Explorer de suite ?
Conserver l’information.
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Comment conserver les informations
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Comment conserver les informations
Trouvez votre système privé ou public !
📌 Imprimer des aide-mémoires, en créer
📌 Créer une liste publique de favoris comme Suzan Baert
Pause puis questions ☕
05:00
Résolution des problèmes
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Ma typologie de questions sur R
Problème ! Bug ! Erreur !
Question/débat (y a-t-il un outil dans R pour faire foo? comment j’apprends bar? ggplot2 ou base plots ?)
Voyons d’abord comment résoudre seul·e ses problèmes.
Demander de l’aide ?
Après des efforts raisonnables.
🔍 Lecture de la documentation ;
🔍 Utilisation d’un moteur de recherche ;
🔍 Expérimentation.
Petite note
Éteindre et rallumer !
Ceci et autres bons conseils plus avancés dans une présentation de Jenny Bryan “Object of type ‘closure’ is not subsettable”.
Éteindre l’ordi, mais pas seulement
Protip: If you're stuck on a coding issue, sleep on it. That way when you wake up and try to fix it and it's still broken, at least you got some sleep.
— Kelly Vaughn 🐞 (@kvlly) January 23, 2020
Un petit bingo
Debugging can be frustrating for our first time #RStats students... but maybe it can lead to a spot on Debugging Bingo! DeBug-o? DeBingo?
— Dr. Ji Son (@cogscimom) January 27, 2021
Here's a copy if you want to include the common errors you see in your class!https://t.co/mI3g2QfvR2 pic.twitter.com/kyOCO3jjzL
Moteur de recherche
Selon http://datacarpentry.org/semester-biology/materials/googling-for-help/
- Bien choisir les mots (Ah ! Si facile…)
- Pas trop de mots
- Spécifier R
Évaluer la crédibilité des résultats (site, auteurs, date, scores, etc.)
Expérimenter comme une RDogLady
Image de The Practical Dev
Expérimenter comme une RCatLady
Image de The Practical Dev
Résoudre son erreur avec reprex
But : D’un bug dans un script au plus petit exemple possible.
reprex de Jenny Bryan & ses docs
-
Un concept, reprex pour “reproducible example.”
-
Un excellent paquet pour communiquer un reprex.
Pourquoi utiliser reprex ?
-
Le bug isolé est plus facile à résoudre, ou sera résolu en l’isolant !
-
Vous pouvez envoyer votre bug dans un format idéal pour les expert·es !
Démo de reprex !
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Plus d’infos sur reprex &co
Un peu plus d’outils
Nouvelle démo ! browser()
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Plus de ressources de débogage
💣 “debugging” dans Advanced R de Hadley Wickham
💣 Webinaire “Debugging techniques in RStudio” par Amanda Gadrow
Pause puis questions 🍪
05:00
Et si on n’y arrive pas ?
Laisser tomber 😭 ou demander de l’aide !
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Où demander de l’aide ?
Le bon endroit dépend de
-
votre confiance en vous ;
-
votre question.
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Endroits les plus rassurants
Vos collègues et ami·e·s
R-Ladies
Endroits publics de Q&As 1/2
Twitter #rstats. Questions courtes ou lien vers questions plus longues.
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Endroits publics de Q&A 2/2
Paquets. Où ouvrir un ticket sur un bug ? Regarder dans la doc et dans un moteur de recherche.
Stack Overflow. Seulement pour des bugs, questions courtes.
Mailing lists https://www.r-project.org/mail.html
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Où demander de l’aide ?
On peut devoir essayer plusieurs fois.
Plus de ressources
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Conclusion
Merci !
Aux organisateur·rice·s, et à vous tous !
Un petit résumé avant vos questions.
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Du progrès, pas de la pression
Apprendre régulièrement, adopter reprex petit à petit…
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Aider les autres
-
Développeur·se·s, écrivez de bons NEWS.md, communiquez bien.
-
Partagez les informations qui vous sont utiles !
-
Répondez aux questions des autres. En plus ça vous aide vous-même !
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🔗 https://rresilient.netlify.app/
Pour augmenter sa rrrésilience…
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Mettre ses installations à jour (ou pas), se tenir au courant dans la mesure du possible;
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Apprendre à mieux résoudre ses soucis, savoir demander de l’aide.
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